自定义 DataLoader
如 数据输入 一文所介绍,OneFlow 支持两种数据加载方式:直接使用 NumPy 数据或者使用 DataLoader 及其相关算子。
在大型工业场景下,数据加载容易成为训练的瓶颈。在其它的框架中,数据加载流水线往往作为单独的模块存在,需要针对不同场景进行调整,通用性不高。在 OneFlow 中,DataLoader 及相关预处理算子,与其它普通算子地位等同,可以享受与其它算子一样的流水加速效果,轻松解决大规模数据加载的痛点。
在 OneFlow 中使用 DataLoader,一般通过调用 XXXReader
加载文件中的数据,调用 XXXDeocde
等对数据进行解码或其它预处理,他们一起协同完成 Dataloader 的功能。
OneFlow 目前内置了一些文件格式的 DataLoader。如果我们想使用 DataLoader 提高数据加载的效率,但是加载的数据格式暂时没有内置在 OneFlow 中,此时,我们可以自己实现 DataLoader,加载自定义的数据格式。
本文实现了一个 Mini Dataloader,在仓库中可查看完整代码。
作为示例,Mini Dataloader 支持的文件格式为:以逗号分隔的每行两列数字的纯文本文件(见代码中的 part-000
及 part-001
文件):
1.01,2.02
2.01,4.02
3.0,6.05
4.1,8.205
5,10
6.0,12.0
7.0,14.2
8.0,16.3
9.1,18.03
本文将以 Mini Dataloader 为例,对自定义格式的 DataLoader 的实现要点,进行讲解。
Dataloader 的组成
完整的 Dataloader 一般包括两类 Op:
- Data Reader:负责将文件系统中的数据,加载到内存中的输入流,并最终将数据设置到 Op 的输出中。它又可以细分为 Loader 与 Parser 两部分,Loader 负责从文件系统中读取原始数据,Parser 负责将原始数据组织为 Data Reader Op 的输出
- Data Preprocessor:将 Data Reader Op 的输出的数据进行预处理,常见的预处理有图片解码、剪裁图片、解码等
对于一些简单的数据格式,不需要预处理,可以省略掉 Data Preprocessor,只使用 Data Reader 即可。
作为示例, Mini Dataloader 处理的数据格式虽然简单,但是依然实现了 DataReader 及 Data Preprocessor 两类 op,其中:
MiniReader
负责从文件中读取数据,并按逗号分隔字符串,将文本转为浮点数据后,设置到 Op 的输出中,输出形状为每行两列MiniDecoder
负责将以上每行两列的输出进行分割,得到2个每行1列的输出x
与y
在 test_mini_dataloader.py 中可以看到 Python 层次两者的使用:
miniRecord = MiniReader(
"./",
batch_size=batch_size,
data_part_num=2,
part_name_suffix_length=3,
random_shuffle=True,
shuffle_after_epoch=True,
)
x, y = MiniDecoder(
miniRecord, name="d1"
)
以下,我们将介绍 C++ 层次如何实现 Data Reader 算子与 Data Preprocessor 算子。
Data Reader 算子
Data Reader 的类关系
我们需要实现一个继承自 DataReader
的类,该类包含了两个重要对象 loader_
与 parser_
,分别继承自 Dataset
与 Parser
。
loader_
的工作是从文件系统中读取数据至缓冲区,Op 作者通过重写Next
方法编写这部分的逻辑parser_
的工作是将缓冲区中的数据,设置到 Op 的输出中,Op 作者通过重写Parser
方法编写这部分的逻辑
当 Data Reader Op 工作时,会调用 loader_
中的相关方法打开文件系统中的文件,并调用 loader_
的 Next
方法按照 Op 作者预定的逻辑从文件系统读取数据,然后,再调用 parser_
的 Parser
方法,将数据设置到 Op 的输出中。
以下的伪代码展示了以上类关系和调用过程,实际代码比伪代码要复杂,并不是一一对应的关系:
class DataReader{
void Read(user_op::KernelComputeContext* ctx) {
// 运行到此处,已经启动了多线程加速数据处理
loader->next();
parser_->Parse();
}
Dataset* loader_;
Parser* parser_;
};
class MiniDataReader : DataReader{
loader_ = new MiniDataSet;
parser_ = new MiniParser;
};
class MiniDataset: Dataset {
MiniDataset() {
//在文件系统中找到数据集,并打开文件,初始化输入流
//...
}
Next() {
// 从输入流中读取数据的逻辑
}
};
class MiniParser: Parser {
void Parse(){
// 将 DataSet 中的数据 设置到 Op 的输出中
}
};
在 Data Reader Op 的 Kernel 中,会触发 DataReader
的 Read
方法,进而完成以上伪代码所展示的一连串操作。
以下我们针对 MiniReader 算子的真实代码进行解析。
Op 及 Kernel 注册
我们通过以下代码,注册了 MiniReader 的 Op:
REGISTER_CPU_ONLY_USER_OP("MiniReader")
.Output("out")
.Attr<std::string>("data_dir")
.Attr<std::int32_t>("data_part_num")
.Attr<std::string>("part_name_prefix", "part-")
.Attr<int32_t>("part_name_suffix_length", -1)
.Attr<int32_t>("batch_size")
.Attr<bool>("random_shuffle", false)
.Attr<bool>("shuffle_after_epoch", false)
.Attr<int64_t>("seed", -1)
.Attr<int32_t>("shuffle_buffer_size", 1024)
.SetTensorDescInferFn([](user_op::InferContext* ctx) -> Maybe<void> {
//...
*out_tensor->mut_shape() = Shape({local_batch_size, 2});
*out_tensor->mut_data_type() = DataType::kDouble;
//...
})
.SetGetSbpFn([](user_op::SbpContext* ctx) -> Maybe<void> {
ctx->NewBuilder().Split(ctx->outputs(), 0).Build();
//...
});
可以看到,因为 Data Reader 是比较特殊的 Op,只有输出,没有输入(数据来自文件系统,而不是神经网络中的某个上游节点),因此我们只通过 Out
方法设置了输出,并在 SetTensorDescInferFn
设置了输出的性质为每行2列,数据类为 DataType::kDouble
。同理,在设置 SetGetSbpFn
中设置 SBP Signature 时,只需要设置输出的 SBP 属性,我们将其设置为 Split(0)。
而设置的各种属性(data_dir
、data_part_num
等),沿用了 OFRecord 数据集 中关于文件命名规范的要求,这使得我们可以复用 OneFlow 中已有的相关代码,像 加载 OFRecord 数据集 那样,加载我们自定义格式的文件。
接着看这个 Op 的 Kernel 实现:
class MiniReaderKernel final : public user_op::OpKernel {
public:
//...
std::shared_ptr<user_op::OpKernelState>
CreateOpKernelState(user_op::KernelInitContext* ctx) override{
std::shared_ptr<MiniReaderWrapper> reader(new MiniReaderWrapper(ctx));
return reader;
}
void Compute(user_op::KernelComputeContext* ctx,
user_op::OpKernelState* state) override {
auto* reader = dynamic_cast<MiniReaderWrapper*>(state);
reader->Read(ctx);
}
//...
};
REGISTER_USER_KERNEL("MiniReader")
.SetCreateFn<MiniReaderKernel>()
.SetIsMatchedHob((user_op::HobDeviceTag() == "cpu")
& (user_op::HobDataType("out", 0) == DataType::kDouble));
依据 自定义 Op 一文中的知识,我们知道 MiniReaderKernel::Compute
负责 Op 的运算逻辑。不过此处使用使用的 Compute
是包含2个参数的重载,我们有必要介绍下它的第二个参数 OpKernelState
。
当我们进行 Compute
时,有时除了从 ctx
获取的信息外,我们还需要维护一些其他的对象,这种对象不需要反复创建,但是其中的信息状态可能随着 Compute
多次调用而改变。为了应对这种需求,OneFlow 提供了2个参数的 Compute
的重载,为了使用它,我们必须同时重写 CreateOpKernelState
,CreateOpKernelState
的作用是返回一个 user_op::OpKernelState
派生类对象,这个对象,将在 Compute
调用时,作为第二个参数传递。
为此,我们只需要将除 ctx
外想要维护的信息,封装为 user_op::OpKernelState
的派生类,并在 CreateOpKernelState
实例化并返回即可。
具体到我们实现的 Mini Reader 的 Kernel,我们先实现了一个继承自 user_op::OpKernelState
的类 MiniReaderWrapper
, 它是对 MiniDataReader
的简单封装,之所以封装一层 MiniReaderWrapper
而不直接使用 MiniDataReader
,仅仅是为了符合以上所述的 OneFlow 框架要求。
class MiniReaderWrapper final : public user_op::OpKernelState {
public:
explicit MiniReaderWrapper(user_op::KernelInitContext* ctx) : reader_(ctx) {}
~MiniReaderWrapper() = default;
void Read(user_op::KernelComputeContext* ctx) { reader_.Read(ctx); }
private:
data::MiniDataReader reader_;
};
然后,重写 CreateOpKernelState
,在其内部创建一个 MiniReaderWrapper
对象:
std::shared_ptr<user_op::OpKernelState>
CreateOpKernelState(user_op::KernelInitContext* ctx) override{
std::shared_ptr<MiniReaderWrapper> reader(new MiniReaderWrapper(ctx));
return reader;
}
这样,在适当的时机,OneFlow 就会自动调用 CreateOpKernelState
创建对象,并将其作为第2个参数传递给 Compute
。我们可以在 Compute
中拿到这个对象,并使用:
auto* reader = dynamic_cast<MiniReaderWrapper*>(state);
reader->Read(ctx);
可以看到,在 MiniReader 的 Kernel 中,我们仅仅是简单调用了 MiniReaderWrapper::Reader
,这会触发上文伪代码中所提及的 DataReader::Read
流程。
MiniDataReader
上文伪代码中已经提及,在 MiniDataReader
内部,会实例化一个 MiniDataset
并赋值给 loader_
指针。 以下是真实代码:
class MiniDataReader final : public DataReader<TensorBuffer> {
public:
MiniDataReader(user_op::KernelInitContext* ctx) : DataReader<TensorBuffer>(ctx) {
loader_.reset(new MiniDataset(ctx));
parser_.reset(new MiniParser());
if (ctx->Attr<bool>("random_shuffle")) {
loader_.reset(new RandomShuffleDataset<TensorBuffer>(ctx, std::move(loader_)));
}
int32_t batch_size = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex("out", 0)->shape().elem_cnt();
loader_.reset(new BatchDataset<TensorBuffer>(batch_size, std::move(loader_)));
StartLoadThread();
}
};
可以看到,除了我们自己继承自 DataSet
的 MiniDataset
类之外,OneFlow 还内置了其他的 XXXDataSet
,称为 修饰器 。
修饰器可以在已有的 DataSet
基础上增加额外功能,如以上的 BatchDataset
用于批量读取数据。DataSet 修饰器均在 user/data 目录,常见的修饰器有:
- BatchDataset:用于批量读取数据
- RandomShuffleDataset:用于将数据的顺序随机化
- GroupBatchDataset:用于更定制化地组 batch,会把相同 group id 的数据实例放在同一个 batch 内,可参考这里
- DistributedTrainingDataset:用于分布式的情况下,把一个 epoch 内的数据平均分配到不同节点读取,可参考这里
一切完成后,最后调用 StartLoadThread
,顾名思义,启动加载线程,在 StartLoadThread
中,最终会触发重写的 MiniDataset::Next
方法。
以上 MiniDataReader
的构造,可以作为模板,没有特殊要求,在实现自定义的 DataLoader 过程中,不需要修改。
MiniDataset
对于 MiniDataSet
,我们只需要关心它的构造函数以及重写的 Next
方法。
构造函数主要是通过 Attr
获取用户的配置,然后根据用户配置,初始化输入流。以下代码中的 JoinDirPath
内部,主要根据数据集文件名的约定(前缀、文件数目,文件名编号是否补齐等),获取所有的文件名称;而 InitInStream
是将数据集中的文件,都初始化为 OneFlow 封装的输入流(in_stream_
成员),这在后续的 Next
方法中会使用。
MiniDataset(user_op::KernelInitContext* ctx) {
current_epoch_ = 0;
shuffle_after_epoch_ = ctx->Attr<bool>("shuffle_after_epoch");
//Join Dir Path
JoinDirPath(ctx);
// in stream
InitInStream(ctx);
}
从文件中加载的逻辑,写在 Next
虚函数中:
LoadTargetPtrList Next() override {
LoadTargetPtrList ret;
LoadTargetPtr sample_ptr(new TensorBuffer());
std::string sampleline;
if (in_stream_->ReadLine(&sampleline) != 0) {
ShuffleAfterEpoch();
in_stream_->ReadLine(&sampleline);
}
auto numbers = CommaSplit(sampleline);
sample_ptr->Resize(Shape({2}), DataType::kDouble);
auto pNums = sample_ptr->mut_data<double>();
pNums[0] = std::stod(numbers[0]);
pNums[1] = std::stod(numbers[1]);
ret.push_back(std::move(sample_ptr));
return ret;
}
在以上代码中,我们通过调用 in_stream_
的 ReadLine
方法,将文件中的数据,读取至 string
对象 sampleline
中。然后通过 CommaSplit
等操作,将字符串按逗号分隔,并转为浮点数,放置到 TensorBuffer
对象中。
值得一提的是,in_stream_
有2种方法从文件中读取数据,分别是:
int32_t PersistentInStream::ReadLine(std::string* l);
int32_t PersistentInStream::ReadFully(char* s, size_t n);
ReadLine
读取文件中的一行,至 l
对象;ReadFully
读取 n
个字节的数据,至 s
所指向的内存。均以0作为成功时的返回值。
MiniDataSet
完成从文件到内存缓冲区的工作,接着,我们将使用 MiniParser
,将缓冲区中的内容,设置到 Op 的输出中。
MiniParser
MiniParser
继承自 Parser
,我们只需要重写其中的 Parser
方法即可:
class MiniParser final : public Parser<TensorBuffer> {
public:
using LoadTargetPtr = std::shared_ptr<TensorBuffer>;
using LoadTargetPtrList = std::vector<LoadTargetPtr>;
void Parse(std::shared_ptr<LoadTargetPtrList> batch_data,
user_op::KernelComputeContext* ctx) override {
user_op::Tensor* out_tensor = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex("out", 0);
double* dptr = out_tensor->mut_dptr<double>();
MultiThreadLoop(batch_data->size(), [&](size_t i) {
TensorBuffer* buffer = batch_data->at(i).get();
dptr[i*2]= *(buffer->data<double>());
dptr[i*2+1]= *(buffer->data<double>()+1);
});
}
};
Parser
包含2个参数,其中 batch_data
其实是一个封装了的 vecotr
,这个容器内的每个元素,就是之前 MiniDataSet
通过 Next
读取的数据。 参数 ctx
使得我们可以获取 Op 的信息,在这里,我们主要通过 ctx
获取输出,并获取指向输出缓冲区的指针 dptr
。
注意,我们将 batch_data
中的数据设置到 Op 的输出 dptr
的过程中,使用了宏 MultiThreadLoop
。MultiThreadLoop
可以让我们的循环逻辑在多线程中执行,它接受2个参数,第一个参数为循环的总次数;第二个参数是一个回调函数,原型为 void callback(size_t i)
,OneFlow 会创建多个线程,然后并发调用这个回调函数。回调函数的参数 i
表明了当前循环的序号,使得我们可以根据 i
来划分数据,完成自己的业务逻辑。
在以上的代码中,我们通过 batch_data->at(i).get()
获取了缓冲区的第 i
个的数据,然后将其设置到输出的内存区的第 i
行的位置,一共2列。
Data Preprocessor 算子
Data Preprocessor 算子,其实就是一种普通的算子,它接受 DataReader
的输出作为自己的输入,然后通过运算后,输出一个或者多个 Blob。
在 ofrecord_decoder_ops.cpp 可以看到针对 OFRecord 数据的各种预处理操作(以解码为主)。
我们的 Mini Dataloader 处理的数据比较简单,因此 MiniDecoder 所做的工作也很简单,仅仅是将 DataReader
所输出的每行2列的数据,拆分为2个每行1列的输出 x
与 y
。
Mini Decoder 的 Op 注册为:
REGISTER_CPU_ONLY_USER_OP("mini_decoder")
.Input("in")
.Output("x")
.Output("y")
.SetTensorDescInferFn([](user_op::InferContext* ctx) -> Maybe<void> {
user_op::TensorDesc* in_tensor = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex("in", 0);
user_op::TensorDesc* out_tensor_x = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex("x", 0);
user_op::TensorDesc* out_tensor_y = ctx->TensorDesc4ArgNameAndIndex("y", 0);
// 设置输入输出 Blob 的属性
// ...
})
.SetGetSbpFn([](user_op::SbpContext* ctx) -> Maybe<void> {
ctx->NewBuilder()
.Split(user_op::OpArg("in", 0), 0)
.Split(user_op::OpArg("x", 0), 0)
.Split(user_op::OpArg("y", 0), 0)
.Build();
//...
});
Mini Decoder 的 Kernel 的实现:
class MiniDecoderKernel final : public user_op::OpKernel {
//...
void Compute(user_op::KernelComputeContext* ctx) const override {
user_op::Tensor* in_blob = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex("in", 0);
user_op::Tensor* out_blob_x = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex("x", 0);
user_op::Tensor* out_blob_y = ctx->Tensor4ArgNameAndIndex("y", 0);
int64_t record_num = in_blob->shape().At(0);
const double* input = in_blob->dptr<double>();
double* out_dptr_x = out_blob_x->mut_dptr<double>();
double* out_dptr_y = out_blob_y->mut_dptr<double>();
MultiThreadLoop(record_num, [&](size_t i){
*(out_dptr_x + i) = *(input+i*2);
*(out_dptr_y + i) = *(input+i*2 + 1);
});
}
//...
};
可见,在 MiniDecoderKernel::Compute
中主要是获取到输入 in_blob
, 然后在多线程循环 MultiThreadLoop
中,将输入的数据拆分到 out_dptr_x
与 out_dptr_y
中,它们分别对应了输出 x
与 y
。
自定义 DataLoader 的使用
如 自定义 Op 一文中所描述,要使用 C++ 层编写的 Op,还需要在 Python 层封装一个 Python Wrapper。这些工作放到了 test_mini_dataloader.py中:
def MiniDecoder(
input_blob,
name = None,
):
if name is None:
name = "Mini_Decoder_uniqueID"
return (
flow.user_op_builder(name)
.Op("mini_decoder")
.Input("in", [input_blob])
.Output("x")
.Output("y")
.Build()
.InferAndTryRun()
.RemoteBlobList()
)
def MiniReader(
minidata_dir: str,
batch_size: int = 1,
data_part_num: int = 2,
part_name_prefix: str = "part-",
part_name_suffix_length: int = -1,
random_shuffle: bool = False,
shuffle_after_epoch: bool = False,
shuffle_buffer_size: int = 1024,
name = None,
):
if name is None:
name = "Mini_Reader_uniqueID"
return (
flow.user_op_builder(name)
.Op("MiniReader")
.Output("out")
.Attr("data_dir", minidata_dir)
.Attr("data_part_num", data_part_num)
.Attr("batch_size", batch_size)
.Attr("part_name_prefix", part_name_prefix)
.Attr("random_shuffle", random_shuffle)
.Attr("shuffle_after_epoch", shuffle_after_epoch)
.Attr("part_name_suffix_length", part_name_suffix_length)
.Attr("shuffle_buffer_size", shuffle_buffer_size)
.Build()
.InferAndTryRun()
.RemoteBlobList()[0]
)
在 test_mini_dataloader.py
中,我们使用自己实现的 MiniReader
与 MiniDecoder
加载并解码了数据集(part-000
与 part-001
)中的数据,完成了一次训练。
Mini Dataloader 的编译与测试
进入到本文对应的 data_loader 目录。 修改 Makefile
文件中的 ONEFLOW_ROOT
变量为 OneFlow 源码路径。 然后通过
make
可生成 miniloader.so
文件。
然后运行 test_mini_dataloader.py
脚本,可以使用 Mini Dataloader 加载数据并完成训练。
python test_mini_dataloader.py