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文献管理软件Zotero基础及进阶示范
我的文献管理软件使用历史极其悠久，先后是：
- Endnote Windows版：十多年前，一位师兄，如今的小牛，曾经用[Endnote]下载过十年的JPSP论文，然后一篇一篇批注，从那时起，文献管理软件给我留下了极其深刻的印象；
- 老友创业团队开发的[NoteExpress]，当之无愧的国内Windows下文献管理No.1。因为太熟悉它的诞生与发展历程，所以它也是我使用年头最长的文献管理软件，积累的文献库好几G。
- Endnote Mac版：07、08年慢慢转到Mac下，不得不抛弃[NoteExpress]了。
在Mac下，先后试用与比较过[Papers2]与[mendeley]。但是因为种种原因，最终还是回到Zotero下。有感于国内对这么一款极其优秀的开源软件非常不了解，特别介绍它的入门与进阶知识。
注册Zotero新账号并下载
登陆https://www.zotero.org/user/register/，注册一个自己的Zotero账号，请特别记住，username会直接生成个性域名，别乱起，未来会有些不方便。
下载Zotero单机版，也就是Zotero Standalone。Mac、Windows等通用。
http://www.zotero.org/download/
也可以下载firefox插件版，但是我更推荐单机版。两者的区别如下：
下载之后安装默认提示一路安装。
配置Zotero
打开Zotero，找到[首选项]或偏好：
在同步一栏输入前面注册的账号，这样，文献库可以同步到[Zotero]官网。
创建一个用来保存文献库的根目录，假设是：/users/ouyang/dev/zotero 继续配置：
[Zotero]官网默认的存储空间有限，所以，我们需要一个小技巧，将文献库里面保存PDF文档的目录，分离开，放到[dropbox]目录下同步。回到刚才创建的：/users/ouyang/dev/zotero 目录，其中的storage目录是拿来保存PDF等文档的，将其剪切到[dropbox]目录下，如下图所示：
打开终端或shell，创建一个软连接，让[Zotero]认出该目录：
ln -s /users/ouyang/dropbox/zotero/storage /users/ouyang/dev/zotero/storage
回头看，/users/ouyang/dev/zotero 目录下多了一个软链接，表示成功了。
接下去，在配置这里安装pdf索引：
以及，将默认输出格式，更改为APA第六版：
导入第一篇文献
好了，准备工作做完了。现在，让我们导入第一篇文献。Zotero支持以下六种导入方法：
- 互联网自动识别：Web Translators (URL bar icon)
- 手动输入：Manual Input or Edit From a bibliographic
- 文件导入：format (RIS, BibTeX, MARC, etc.)
- 通过标示符增加：Add by identifier (DOI, ISBN, PMID)
- 通过PDF元数据识别：Add PDF then Retrieve Metadata
- 从网页识别：Get any Webpage with basic data
先让我们找找成就感，从最容易的开始。通过Web Translators，互联网自动识别。
打开豆瓣网站，随便找一本书，让我们以前一篇文章[心智十二宫]中的[我生活的种种模式]为例，它的豆瓣网页是：
http://book.douban.com/subject/1065156/
请特别注意，你的Chrome浏览器上会多出一个图书的标识！点击它，保存即可。
打开[Zotero]软件，我们会发现，之前鼠标定位的子类下面，会多出一个条目，如下图所示：
更有趣的是，[我生活的种种模式]这本书的豆瓣网址直接保存下来了，下次直接点击即可。这就是[Zotero]极其强大的Web Translators 功能，它可以根据世界上主要的信息资讯网站，生成相应的图标，比如，豆瓣的图书就是图书的小符号，维基百科则是维基类的小图标。更强大的是，一切你想保存资讯的网站，你可以定制Web Translators，然后保存在之前我们创建的根目录：
/users/ouyang/dev/zotero 下面的translators目录里面。如下图所示：
小提醒：如果没有多出这个图标，Web Translators 功能没有生效，是插件安装失误，请通过Chrome网上应用店，安装：Zotero Connector。
导入维基百科
通过集体智慧的协作，目前[Zotero]软件的Web Translators已经几乎支持世界上主要高质量资讯网站，如维基百科、Google学术。现在，让我们继续找点成就感，自动导入维基百科试试看。
学习一门新学科，常常需要知道学科中的牛人，维基百科的列表功能就是非常强大的资讯源。我们打开它的认知科学家列表，基本代表了功成名就的认知科学家们：
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_cognitive_scientists
我们会发现，这次图标与保存豆瓣的图书图标不一样了！哈哈，变成一个百科全书的图标了，如下图所示：
我们仍然点击保存，好的，文献库就有了！
嗯？这次保存下来的为什么与上次的不太一样！多了个快照？点击看看！原来这是[Zotero]软件的另一个强大而贴心的功能，它自动将网页的快照拍摄下来了。这样，未来这个网页消失了，我们的资讯还没丢失！
导入Google学术
一次一次导入一篇，并不是学术研究时的常见现象。更常见的是，批量导入多篇。让我们以Google学术库为例。打开Google学术库，我们输入检索关键词，[netlogo]，一个网络仿真常用软件。
http://scholar.google.com/scholar?q=netlogo&btnG=&hl=zh-CN&as_sdt=0%2C5
我们发现，这次浏览器的图标变成一个文件夹！这就意味着，有多篇文献识别出来，需要保存。
点击文件夹图标，然后弹出对话窗口，我们挑选一篇引用率排第一、带PDF文档的保存下来：
打开[Zotero]软件，我们怒了！作为一个开源软件，它为什么能这么贴心！Google学术里面带PDF文档，刚才弹出窗口提示有PDF字眼的，它连关联PDF也关联起来了！如下图所示：
通过标示符增加
总有一些文献，google学术检索不出来（虽然，这个概率越来越低）。这个时候，需要我们手动添加。
让我们以前一篇文章[我们为什么害怕学习]为例，通过豆瓣，找到[Why Don’t Students like School]这本书的ISBN是：9780470591963。如下图所示：
我们启动[Zotero]软件，点击通过标示符增加的按钮：
输入ISBN：9780470591963。即可添加成功，如下图所示：
这次我们继续怒了！开源软件的贴心程度已经超出我们想象，这次保存下来的图书信息，多了什么呢！原来，多了两条笔记，来自出版商的介绍！
好的，接下去，我将我写的笔记保存进来。选中图书名字，点击右键：添加笔记。一般用户可以直接在这里写笔记。
如果是Markdown与Mou用户，则不要在这里直接写笔记，代码会额外混乱，点击html选项：
将Mou生成的html内容复制过去：
效果如下图所示，非常漂亮的笔记出来了！
小提醒：不过这么整理还是略微有些麻烦，笔者正在想办法，将[Zotero]与[Mou]、[Evernote]的配合更智能化。
导入Endnote数据库
好的，我们有大量的文献是使用其它文献管理软件管理的，怎么导入？以最流行、最常用的[Endnote]为例。选择File=>Export，如下图所示，记得一定要将导出风格选为：Endnote Export：
然后，导出的文本文件，直接导入到[Zotero]中即可，更复杂的导入方法，可以参考各类教程。
导入PDF文档
有不少之前下载好的PDF文献，尤其是一些本来是从学术数据库下载的文献，它们支持PDF元数据功能，这样就非常省事，可以直接拖到[Zotero]中来，然后会自动将其文献信息识别出来。
如下图所示，我们将一个PDF文档拖到自己的项目文件夹中来，然后选择右键：[抓取PDF的元数据]，
就自动根据PDF元数据生成相关文献信息了：
Zotero进阶示例：文献可视化
在上面这个导入例子中，我们用的是同事的一篇学位论文的参考文献库，研究的主题是青少年与社会网络分析。我们尝试对这些文献进行可视化分析。
首先，需要安装插件papermachines，下载xpi文件，http://chrisjr.github.com/papermachines/，文件地址是：http://www.papermachines.org/download/papermachines-0.4.4.xpi
我们通过[Zotero]的插件安装，如下图所示：
然后点击：Install Add-on from File…
找到之前下载的xpi文件，安装好，重启[Zotero]。
然后选中我们要进行文献分析的库，如下图所示：
第一次运行，需要继续重启[Zotero]，重启之后，就好了，点击各类，查看文献可视化的结果：
这是以标签云形式对一百多篇文献进行分析的结果，接下去，我们可以换个视图：
我们可以清晰地发现，我同事的学位论文中，引用的文献聚焦在：青少年吸烟、社会网络、同辈群体、关系等主题上。
Zotero更多资源
Zotero还有更多进阶玩法，在这里不展开讲了。各位感兴趣的敬请查阅资料：
入门教程
- zotero中文快速入门：http://www.zotero.org/support/zh/quick_start_guide
- Zotero中文入门介绍：http://www.zotero.org/support/_media/zotero_miniguide.pdf
- 台湾中央研究院计算中心关于Zotero的介绍：http://ascc.sinica.edu.tw/iascc/articals.php?_section=2.4&_op=?articalID:3934
- MIT图书馆的教程：http://libguides.mit.edu/zotero
- Washington University St. Louis: http://libguides.wustl.edu/zotero
- Zotero入门介绍：http://www.slideshare.net/adam3smith/intro-zotero *你为什么需要Zotero：其中关于六类人的漫画描述，极其生动。
- 研究生2.0关于Zotero的介绍
- 老杨与他本科同学写的Zotero介绍
核心插件
- Zotero插件大全
- zotero插件集合
- Papermachine
- Zotfile
- Multi-Lingual Zotero
- Qnotero
- Translator testing
- Zotero隐藏的偏好：http://www.zotero.org/support/preferences/hidden_preferences
- RTF Scan
版式风格在线可视编辑
整合工具
- Omeka : Zotero开发学校的另一个项目
- editorsnotes
- Zotero开发机构的其他项目：http://chnm.gmu.edu/research-and-tools/
移动支持
http://www.zotero.org/blog/zotero-apps-go-mobile/
小结
与其说[Zotero]是一个文献管理软件，不如说是一个知识管理平台。选择开源软件，就是选择一个生态链，这是与商业软件，如[Papers2]、[mendeley]或[Endnote]非常不一样的地方。
