知识管理工具

作为知识管理工具的Zotero

在前文文献管理软件Zotero基础及进阶示范中，主要介绍了作为文献管理工具、学术工具的Zotero。今天说说作为一个超级强大的知识管理工具的Zotero，比如书签管理、网页收藏、分类知识体系、快速学习等。

Tag体系的问题

这么多年，我认识的朋友，除非是超级勤奋的，一般正常人，很少有坚持使用tag系统成功的。它存在什么问题？

在收藏的时候，无法坚持输入多个tag系统，有的多，有的少，甚至有的没有，导致最后凌乱；
当事先非常规整的Tag系统，一旦由于对某个Tag的描述改变，导致很多前面的Tag更改不及时；
需要记忆与复习的时候，Tag提取不便，因为Tag系统总会随着时间崩溃

简而言之，Tag系统的本质并不适合分类，而是【印象】系统，这才是Tag系统的本意。但是，太多的人将其当做分类工具在使用，最后导致得不偿失，付出的精力往往得不到相应的产出。人类的最佳知识表征结构是什么？

我提过多次的MIT认知科学家Josh（今年将来中国做邀请演讲）发表在pnas的论文中，比较了抽象知识的不同表征结构，如星形结构、聚类结构、环形结构等等，最终还是意识到，人类的最佳知识结构是树形结构。只有树形结构，才是最符合人类认知特点的一种结构，从树的上一层到下一层，是具备唯一通道，便于大脑将知识从记忆底层快速提取出来，符合人类大脑是个认知吝啬鬼的特点；树又是兼具横向扩展与纵向扩展能力的最优雅的结构。所以，儿童学习词汇时，最初是将物体进行扁平互斥的划分并对应到不同名称，当他们意识到，以树形结构来学习时，他们的认知开始大幅度发展。这种神秘的树形结构不仅仅影响到儿童早期的认知发展，在科学界，也处处可以看到神秘之树的身影，如门捷列夫的元素周期表开创近代化学；卡尔·冯·林奈使用树形结构创立了对自然世界的基本分类法。

Tag系统与树形结构相反，它实质上是非常违背人们学习与记忆提取的规律的。尤其当Tag更多是Tag，而不是树形结构的时候。它是个云形结构，会随着时间变迁而动荡。记忆恰巧需要的不是这类时间动荡。所以，太多人对Tag系统进行了种种改良，这种改良本质上，都是在放弃Tag自身，使用了主从类的，更贴近树形结构的改良。

Zotero的分类

作为对Tag系统的改良。在Zotero中，我们不推荐将Tag作为分类使用，而更多当做【印象】使用！请记住，Tag始终会随着时间而动荡甚至走向崩溃！所以，更重要的是，你当时当下对该文档的【印象】，而不是【分类】！

那么，如何更好分类？

以基本属性作为分类，基本属性是你可以很快归类的，不太会随时间动荡的；
再使用搜索代替随时间动荡的内容；
不再将Tag作为【分类】属性；而是当下【印象】工具。

如下图所示：

作为知识管理工具的Zotero示例

Zotero提供了一个非常强大的自定义搜索功能。类似于自动归类的文件夹。以下试举几例。

本周带全文需要阅读的学术论文PDF

点击：我的文献库，右键，新建搜索。如下图所示：

创建条件，如下图所示：

github优秀开源库收藏

豆瓣好书精选

诸如此类不等。总之，可以尽情发挥想象力，定制出各类自动化的搜索分类。进一步，有熟悉js脚本的朋友，完全可以打开根目录，自定义自己的条目类型，如github、如微博。

事实上，大量的条目类型，已经由全世界网友提供了并且编写好了各类脚本，如推特、如维基百科、如readability、如Google图书、如Google博客。参见：

https://github.com/zotero/translators

如果自己撰写，可参考文档：

http://niche-canada.org/member-projects/zotero-guide/chapter1.html http://www.huangwei.me/blog/2011/01/06/write_zotero_translator/

作为快速学习的Zotero

维基百科是最佳的入门知识首选，Zotero可以创建知识的收藏时间线，如下图所示：

全文搜索的改进

Zotero由于是西方开源者开发，对中文、全文检索能力有时候不如Evernote等，如何改进？

由于Zotero是条目存储与附件相互分分离的。这么一来，只要使用你的桌面搜索工具，将Zotero的存储目录，即storage目录，加入到相应偏好里面。那么，你可以轻而易举拥有更强大、更快捷地，对你所有存储的网页快照、文献的全文检索。

在Windows下，可以使用Google桌面搜索；在Mac下，则自带的spotlight已经支持。如下图所示：

打开research.html页面一看，这就是保存在我们本地的网页快照：

file://localhost/Users/ouyang/Dropbox/zotero/storage/3PHJNDJE/research.html

然后打开Zotero，输入存储中的唯一标示符：3PHJNDJE。如下图所示，这样就非常快地借助超级强大的第三方全文检索工具，定位到Zotero中的内容了：

进一步，因为Zotero完全开源，包括同步去向，也可以搭建自己的同步服务器，在同步服务器上使用elasticsearch等搭建自己的超强全文检索库。

平板与社交：再谈研究辅助工具Zotero兼配套APP

继续小白文风格，多图，高手慎入。很多亲朋好友们，都是卡在上手工具的那么几个关键小步骤。导致完全回避好的方法与工具，使用上个世纪的研究理念干苦力活。

人有时会念旧，十多年前，互联网可不是今天这样子。那时，我们谈论R语言、数据挖掘与文献管理，我们在谈论什么？昨晚，偶尔翻出当年担任版主的统计论坛：百岛潮统计论坛，时光如水，百岛潮当年单纯的气质已默默成为每人青春回忆中美好的一部分。

如今这个时代，知识看似垂手可得，研究日益变为职业与市场交易，研究的技术也跟随演化。继续前两天话题，将研究辅助工具再次说透彻点。这次侧重社交与移动。

移动的Zotero

以iPad的Safari为例，安卓的Chrome步骤大同小异。说说如何给Safari增加保存到Zotero文献库的选项。

步骤1：随便选一个页面，将它加入到Safari书签。如下图所示：

步骤2，打开iPad的设置，找到Safari，如下图所示，将【总是显示书签栏】给选为【on】。

步骤3，打开iPad的Safari，然后触摸书签，再触摸【书签栏】，如下图所示：

步骤4：好的，关键点到了！将之前在步骤1保存的Zotero，点击编辑，将网址更改为Zotero书签的内容。从这里复制：

http://www.zotero.org/downloadbookmarklet

如下图所示：

复制之后，效果如图：

步骤5：好的，大功告成，在平板上的Zotero.org网站，登陆一下你的账号，记住选择记住密码。然后随便挑选个论文库或者豆瓣读书试试看，我们会发现成功保存到云端的文献库中了。

平板的Zotero

一般习惯用Kindle读电子书，读PDF还是习惯平板设备。主要是批注速度、阅读速度较快。以下以iPad为例。同样，Zotero也支持安卓设备。

先从神器1Notability讲起。

Notability是一个好评如潮的PDF阅读与批注APP。如何与Zotero配合？关键点在第一篇文中的小技巧，将Zotero的条目与存储相互分离。Zotero的数据库仅仅用于保存条目等；而Dropbox用于保存PDF、网页快照等。

这么一来，通过Notability自带的与Dropbox自动同步的功能，就可以非常愉快与轻松地使用手指或者触控笔手写笔记。

步骤如下，

步骤1：购买并安装Notability

它非常物美价廉。安装后打开。

步骤2：在dropbox下面的zotero目录创建note目录

请记住！在老文文献管理软件Zotero基础及进阶示范第一步建立的Dropbox下面的Zotero新建一个笔记目录！这是用来存放自动同步的笔记的，与存放PDF、电子书、网页快照的storage目录平级！如下图所示：

步骤3：设置Dropbox自动同步

回到Notability的设置里面，继续在import dropbox里面设置。如下图所示，选择设置：

打开之后，选择自动同步选项：

一步一步往下设置，选择Dropbox。

这是个比较关键的步骤，未来很多技巧会用到这个路径。所以，请务必选择刚才步骤2的[note]目录。

接下去，选择同步格式了。又是个关键步骤，一般建议选择rtfd格式。这是富文档格式，这样才能够直接保存录音、图片等。

步骤4：导入Zotero里面保存的PDF文档，并写批注

好的，大功告成。现在点击import，然后导入dropbox=>storage目录下面的pdf即可。如下图所示：

导入时，会询问你是否创建新笔记，选择是即可。打开pdf，开始阅读，并做批注。这里有很多不同于上个世纪的技巧。说三个我常用的。

使用录音代替打字做笔记！尤其是给别人讲Paper的时候，使用录音的效果会更好！
对于部分外部配套图书或者好资料，及时拍照存档。
买一只电容笔，来在iPad上手写批注与笔记。

如下图所示：

神器1Notability与Zotero的配合，已经非常完美了，不过查找PDF的时候，还是略有不便。对于难以忍受这些不便的极端完美主义者来说，可以自己去编译或者购买开源的iPad APP：Zotpad，它的github网址是：https://github.com/mronkko/ZotPad

好的，现在云端Dropbox会自动同步多媒体格式的笔记成功。我们解压rtfd格式之后，打开文档看看，如下图所示：

哈哈，直接点击播放声音，声音、笔记都在一起了！接下去的扫尾工作，可以将文档以附件形式归到相应Zotero的条目下。

社交的Zotero

有很多需要拉人讨论或者实验室、课题组共享一批文献。则可以在Zotero里面，创建一个私密或者公开的群组。如下图所示：

两大辅助神器：Altmetric与Utopia

Altmetric

刚才这个办法，仅仅是自己实验室内部的文献共享。那么，如何知道全世界关于这篇文献的意见呢？Altmetric就是拿来干这个的！将这个页面的书签拖到Chrome菜单栏上即可。

http://www.altmetric.com/bookmarklet.php

然后，当你在网页上读到任何一篇文献，让我们以 @Zwai 在《心智简报》中翻译的这篇文章Is working memory training effective? A meta-analytic review为例。它的原文地址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22612437

打开网页，然后点击Chrome书签栏上，我们在前一个步骤创建的书签：Altmetric。奇迹发生了！我们获得了一个分数，以及获得了全世界主要的媒体、博客、推特们对这篇文献的讨论。它是社交媒体中非常热门的一个讨论话题。（当然，在中国并不热门:D）如下图所示：

然后，我们查看详情，更酷了，获得了非常深入与专业的来源分析。如下图所示：

http://altmetric.com/details.php?citation_id=770688

我们了解到，有92人在推特上讨论过这篇文章，有2位博客作者写过对它的介绍。在研究社交网站上，有79位Mendeley读者下载与阅读过这篇文献，有1位CiteULike读者下载与阅读过这篇文献。

Utopia

但是，很多PDF文档，事先下载好了，我们一篇一篇这么去查它的社交媒体影响力，岂不是累死？专为研究2.0时代而生的Utopia来了！同样是免费、跨平台。下载地址是：

http://getutopia.com/download.php

这是个专注PDF阅读的神器。由老友@鍾智敏wiswood介绍。utopia文档（以下简称utopia）是一款令人惊奇，免费、跨平台好软件，界面简洁优雅。它专注于学术PDF阅读，实现了什么？对PDF的笔记分享与数据加载！类似于kindle加载其他读者写过的批注！还可加载第三方数据，比如维基百科、生物化学数据等。同样，更酷的是，它的online模式，默认会将该篇PDF文档的社交媒体信息读取出来，比如上文altmetric分数。同样，不仅仅是altmetric分数，utopia还会调用大量第三方高质量信息源的API，读出它的授权信息等。

仍然以Is working memory training effective? A meta-analytic review这篇文献为例，我们下载过来，http://www.apa.org/pubs/journals/releases/dev-49-2-270.pdf

通过utopia打开：

当我们默认是online模式的时候，utopia这个PDF阅读器会自动加载它的altmetric分数等信息。

当然，utopia的功能不仅仅局限于此，它支持大量第三方高质量信息源，如它的入门文档描述一样：http://getutopia.com/quickstart.php

感兴趣的读者，可以去阅读utopia团队发表的学术论文：

http://getutopia.com/publications.php

目前，《生物化学杂志》已经使用它，通过与第三方命科学的数据的协作，让每一篇论文都变得动态起来。如何与Zotero配套使用，将utopia变为默认PDF阅读器即可。更进一步的做法则是，调用altmetric，整理文献。

mendeley与Zotero的同步

软件不是非此即彼的互斥关系。mendeley善于识别PDF元数据信息，大量处理PDF时，交给它好了。mendeley提供了Zotero同步功能。如下图所示：

小结

今天的信息日益海量，通过各类社会化过滤器，使得我们能够与同行保持更密切的联系，比如专注科学文献社交媒体影响力评估的altmetric等。同样，时代的变迁也正在诞生大量优秀的神器，如专注于平板笔记的神器1Notability与专注于学术PDF阅读的神器2[utopia]。这些神器，在以Zotero作为主文献库的配合之下，将发挥更强大的战斗力。